Para realizar o backup dos arquivos é bem simples. Acesse o seu cpanel com o usuário e senha enviados em seu email e vá na opção Backup, clique na opção Diertório Home, o arquivo zipado será baixado para o seu computador. Depois baixe também o banco de dados nesta mesma tela. Sugiro fazer este procedimento 1x por semana e armazenar em seu computador e excluir os últimos 10 mais antigos e manter sempre 10 mais novos.
Outra opção de fazer o backup dos arquivos, é acessar o cpanel e ir na opção "Gerenciador de arquivos" na próxima tela que irá abrir certifique-se que esteja no diretório "public_html" ou "www"
Depois selecione todos os arquivos e clique no ícone Compactar, após compactar, clique no ícone "Download"
