Para alterar o favicon, pode favor leia este artigo que lhe ensina passo a passo como fazê-lo
Segue o link
http://tkstore.com.br/whmcs/announcements.php?id=13
Nota: Nos sistema mais recentes (Viena, Zargo), o favicon já pode ser alterado pelo gerenciador de imagens na própria administração, no gerenciador de imagens, procure por favicon.
Tente usar um programa para limpar o cache de seu navegador como o ccleaner .
Em algumas versões de navegadores o favicon constuma não aparecer
